U87MG细胞和冰冻胶质瘤组织中的RRBS

异柠檬酸脱氢酶1(IDH1)的突变与相关CpG岛超甲基化代表了低级别胶质瘤和II期胶质母细胞瘤早期发生的变化。为了确定作用于胶质瘤形成中起作用的甲基化启动子的肿瘤抑制基因,ArthurPChou等应用大规模RRBS技术比较了异柠檬酸脱氢酶1突变(MUT)和异柠檬酸脱氢酶1野生型肿瘤(WT)的甲基化谱。本文发表在JNCI9月的最新在线期刊上。

RRBS技术用于评定10项病理匹配的WT和MUT胶质瘤样本,并比较了应用甲基化敏感性限制酶技术所得的数据及癌症基因组图谱数据(TCGA)。在IDH1突变肿瘤中确定视黄醇结合蛋白1(RBP1)基因甲基化,并进一步应用PBBS进行分析。IDH1/IDH2突变状态和RBP1甲基化之间的联系应用Spearman相关性进行分析。回顾性收集生存情况数据,并应用Kaplan-Meier和Cox风险比例进行分析。所有的统计检验都为双侧。

甲基化分析确定了IDH1MUT胶质瘤中CpG岛超甲基化,这与既往的研究发现一致。RBP1在视黄酸代谢中起重要作用,在79个IDH1MUT中76个位点、IDH2MUT的3位点和116IDH1/IDH2WT肿瘤中出现超甲基化。IDH1/IDH2突变与RBP1超甲基化高度相关。癌症基因组图谱显示与WT肿瘤相比,IDH1MUT表现为RBP1表达低下的RBP1超甲基化。在原发性胶质母细胞瘤的患者中,与RBP1甲基化的患者相比,RBP1没有出现甲基化的患者的平均生存时间降低,前者为36.8月,后者为20.3月。

几乎在所有的IDH1和IDH2突变的胶质瘤中都能发现RBP1启动子甲基化,并且与患者生存情况改善相关。因为RBP1与视黄酸合成相关,本研究的结果提示视黄酸代谢调节异常与IDH1/IDH2旁路胶质瘤形成相关。